它的前身可追溯到以下两个机构：一是适塾(又称洋学塾)，专攻自然科学。 1838年塾主绪方洪庵召集一些门生讲授医学，日本著名思想家福泽渝吉就在这里求学。后来，适塾几经演变成为专门的医学学校。
大正四年(1915)正式使用“医科大学”这一校名，1931年根据“帝国大学令”正式命名为大阪帝国大学，设在医学和理工两部。二是汉学塾(亦称怀德堂)，成立于1924年，由商人出资经营，以研究人文科学为主，后成为大阪帝大的法文学部。大阪帝大成立不久，由大阪工业学校发展起来的大阪工业大学也被合并进来，成为后来的工学部、微生物病研究所、产业科学研究所等机构。
专业设置：
文学部 ：现有文学、史学、哲学、日本研究、美学 5系30个讲座。其中哲学系专门研究中国哲学、内容包括春秋战国诸子百家到毛泽东时代中国各派人物的思想发展;史学系理论联系实际，研究日本的历史动态和大阪地区史。
人际学部 ：从文学部分离后独立成部，开设有心理学、社会学和教育学 3个类别的23个讲座，附设有生态实验室，通过对猕猴基本生态，心理比较及行为的研究来探讨高等动物和人类进化的关系。
法学部 ：前身是法文学部，全系 25个讲座，它的培养目标与东大不同，只培养以普通薪金生活的中、下层公务员。
经济学部 ：下设经济学和经营学两系 6个讲座。
理学部 ：是阪大历史最早的学部之一，现已成为大阪地区及日本培养经济和科技人才的基地之一。含有数学、物理学、化学、高分子、生物学、地球及空间科学 6系44个讲座。附设有原子实验、微热研究中心等设施。
医学部 ：亦是阪大最老也很有特色的学部，仅含医学系 38个讲座。附设动物实验所、生物医学教育中心等研究机构，以及接生护士学校。
科学部 ：是日本国立大学中率先开展口腔教学和牙科健康教育的学部。设口腔 1系19个讲座，8个口腔基础教育部门、11个口腔临床诊疗部门，还附设口腔医院和口腔技工学校。
药学部 ：由医学系的药学部发展而来，含药学和制药化学两系 13个讲座，附设药用植物园，种植有1200多种药用植物。
工学部 ：大阪大学规模最大的学部，共含有 20个系128个讲座。教学和研究涉及机械、应用化学、应用生物学、材料、电子、通讯、土木建筑、原子能、环境、信息科学等领域，注重工程技术。附设有超高温理工学研究、太空物理研究及生物工程国际交流中心等部门。
基础工学部 ：偏重于工程理论，含有 8个系16个讲座。
