京都帝国大学建立于1897年，当时只设立了理工分科大学。在随后的几年中相继设立了法，医，文等分科大学以及附属医院和附属图书馆，这样学校初具规模。1919年分科大学改称为学部。1947年由于新法的颁布，京都帝国大学被命名为京都大学。自那以后新的学部，大学院，研究中心相继成立。现在京都大学拥有文学，教育学，法学，经济学，理学，医学，药学，工学，农学，人间环境学，能源科学，亚非地区研究，情报学，生命科学，地球环境学堂学舍共15个大学院，综合人间，文学，教育学，法学，经济学，理学，医学，药学，工学，农学共10个学部，以及30多个研究所和研究中心。在过去的几年中，京都大学为了适应新世纪的需要，解决不断出现的新问题，把更多的重点放在大学院教育和研究上，并设立了新的大学院。
地理位置
京都大学的主校区临近京都市中心。学部和先进的实验室位于有百年历史的红砖房里。自然科学和能源研究机构位于离主校区大约12公里的宇治校区。桂校区位于离主校区7公里远的西部，于2003年10月开始建立。这个新校区由4个建筑群组成，旨在把技术和科学融合在一起，形成一个“科技园区”。现在工学研究科和情报学研究科正初步迁往桂校区。
办学理念
京都大学的办学理念为“自励自学”，重视课堂上的独特思考。学生可以自由地跨学科根据自己的兴趣选课。少人数制的讨论会向学生们开放以激发他们对某一学科的兴趣，不管他们所属什么学部。期待通过讨论会获得的知识能拓宽他们的视野，深化他们的思维。同时为了帮助学生提高在当今全球化的潮流中处于不败之地所必需的语言能力以及信息获得能力，学校也在努力强化完善这些方面的学科课程建设。此外，京都大学还提供实时远程教育，和加州大学合作举办了名为“跨越太平洋远程互动教育计划”（TIDE）。
科学研究
京都大学是一所以研究为中心的大学，共有5名诺贝尔奖获得者，并在各个领域涌现了许多一流的研究者。在哲学方面，“京都学派”尤为著名。在其它领域也取得了许多先端性，开拓性的成果。在21世纪面临的全球环境问题方面大量的调查研究正在进行，在许多重要领域正在不断取得进步。
京都大学还致力于能源，食品以及和生命，福利有关问题的研究。为了找到解决这些问题的办法，现有的研究部门和地球环境学堂在共同努力。在自然灾害领域，大学院的相关研究部门，研究所和研究中心在密切合作全力开拓国际合作研究项目来保护人类的生命和财产。京都大学已在海外建立了据点从事传统上的现地调查研究。东南亚研究所已经在泰国曼谷和印度尼西亚雅加达设立了联络处。曼谷联络处设立于1963年，已发展成为一个大型的研究基地，覆盖了整个泰国和周边国家。雅加达联络处设立于1973年，不仅是一个信息收集中心，而且成为来自两国学者的共同研究基地，并为印度尼西亚的研究者和学生提供了来日本（京都）深造的机会。
国际交流
2002年12月，在经济学研究科内设立了上海研究中心。2003年1月，在复旦大学内设立了分所。中心的主要作用就是对当前的中国以及中国和东亚经济圈的关系进行研究。京都大学和复旦大学还有教师学生互访项目。此外在下列领域培训高级专家的教育项目已经启动。比如，举办有关中国和日本经济管理体制的讲座。京都大学的先端研究获得了国内外的高度评价。COE（Center of Excellence）研究计划，情报，能源学研究科，高新能源研究所等的海外研究机构相继在美国硅谷，泰国曼谷，中国北京等地设立了连锁研究机构。此外，生存圈研究所和生态学研究中心在泰国，马来西亚，和印度尼西亚设立了实验室和现地观察站进行研究调查。
京都大学国际教育项目(KUINEP)是京都大学学生交流计划项目之一，该项目为半年或一年的英语讲座，涉及生命科学，环境科学研究，生物技术，统计学，物理学，经济学，信息科学，政治学，社会科学和艺术。此外双向的技术交流一直不断地在进行。京都大学与环太平洋大学联盟(APRU)，东亚研究型大学协会(AEARU)等国际性技术机构组织建立了紧密的联系。从而在该地区内建立了多边的国际交流。京都大学的许多最新研究成果都已经被广泛地介绍到国外，在海外还主办了“京都大学国际论坛”，旨在通过与一流研究者的讨论扩大研究信息的双向交流。这些研讨会使参与者在信息科学，经济学，能源科学和心理学等领域从美国，英国和加拿大获得了宝贵的经验。