外国人在日本的出入境管理所依据的基本法有《出入国管理及难民认定法》和《外国人登录法》。中国留学生首次入境日本需持有有效护照和签证，并在入境口岸申请入境。入境时应认真填写“入境卡”，注意入境目的要与签证种类一致。应认真回答入境审查官提出的问题。即使持有日本驻华使领馆颁发的签证，但入境审查时，入国审查官有拒绝当事人入境日本的权力。
入境日本后当事人要保管好护照和签证，严格按所持签证被赋予的资格合法从事工作、学习。在日本以留学、经商等目的长期居住者拟临时回国后再返回日本时，需事先向所在地入管局申请“再入国许可”，如未办理再入国许可，返回日本时手续将变得非常繁琐或者不允许入国。留学生在学期间准备打工者，需事先向入管局申请“资格外活动许可”，获得许可以后方可合法地从事勤工俭学，如未申请而直接从事打工，一旦被入管局查出，将有可能被入管局强制遣返回国。如果中国人夫妇在日本生了孩子，需在60天内向入管局申报；再留期满如打算继续在日本工作、学习，需申请延期在留期限；如与日本公民结了婚，需申请变更在留资格。除以观光目的短期来日的外国人以外，在日本居住较长时间的外国人需自入境之日起90天内、新生外国籍婴儿需在60天内向居住地市区町村役所（政府机关）申报登录，领取外国人登录证。16周岁以上的外国人出行需随身携带外国人登录证。
近年，日本对非法移民、非法居留者不断加大打击力度。检举收容遣返非法滞留者是入管局的重要工作之一，其模式大致如下述流程：发现非法滞留者——调查——收容——审查是否需要强制遣返——口头审理（如不服，可申请由特别审查官审理）——法务大臣裁决（如对特别审查官的裁定不服，可向法务大臣申诉）——强制遣返。