海洋环境：
学院是中国海洋大学最具海洋特色的学院，也是历史最悠久的学院之一。学院包括国家级重点学科海洋科学和环境科学，山东省重点学科——大气科学。其中海洋学本科专业是“国家理科基础科学研究和教学人才培养基地”首批15个基地之一。院系的创立者赫崇本教授是我国海洋科学与教育事业的奠基者之一，也可谓是该学院的“金子招牌”，曾担任过国家科委海洋组副组长，国家海洋局顾问等职务，为我国的海洋事业作出了巨大的贡献。
生物科学：
专业也是海洋大学设立最早、久负盛名的专业之一，有着悠久的历史和辉煌的成就，曾为我国培养了一大批知名的生物学家，属国家级特色专业。生物系是山东省重点学科和国家生物学一级学科的重要组成部分。联合国教科文组织中国海洋生物工程中心也设在本系。足见其雄厚的学科实力。
军事海洋学：
是中国海洋大学2002年新开设的专业，是海洋学与军事学相结合的新兴学科。它以军事作战需求为牵引，以海洋学的基本知识和研究方法为基础，研究如何利用海洋要素的变化规律为军事作战服务的学科。研究重点是海洋声学，包括海洋声学特性、声学器材;深海研究，包括深海底地质地貌、海底工程和水下施工技术;深潜技术，包括深浅装置、潜水医学和潜水技术等。以及反潜战环境预报。
此外，中国海洋大学的水产、水产品加工及贮藏工程专业也是非常具有优势的专业，也是国家级重点学科;水产养殖学、海洋技术、港口航道与海岸工程、会计学等专业属国家级特色专业。