历史：
学科分为两个本科专业方向——历史和考古学，南京大学历史学学科在同学科门类中占有极高的地位，其独特的发掘理论，独特的整理方法，独特的逻辑思维，都使人们望而却步。现在则通过不同的方式组织学生参加田野实习，而不再是单纯地培养博物馆专业人才。
数学：
以历史悠久、实力雄厚、治学严谨而著称，自建系以来，其学术影响一直处于国内领先地位，并具有一定的国际声誉。现为国家一级重点学科(基础数学)、国家理科人才培养基地。设有数学与应用数学(教育部第一类特色专业建设点)、信息与计算科学、统计学3个本科专业。该系采用“基地班”等分流培养模式，对学生实施因材施教。从用人单位的需求着手，探索出了一条名校与名企携手，“送出去、请进来”的改革之路，如与华为 3COM 公司合作，成立了南京大学数学系——华为3COM网络学院，对学生进行华为 3COM 的认证培训;与人民银行、移动通信、平安保险等公司的合作，都非常成功。
物理：
是南京大学优势专业之一，其主要教学特色在于：
1. 实行课堂教学、学术活动、科学研究为一体的“三元结构”教学模式，对学生进行全面素质的培养。组织学生早期参加学术活动和科学研究，低年级时做课程论文和设计实验，开放实验室，优秀的三年级学生就可进入科研实验室参加研究工作。
2. 强化素质教育，学校规定每个学生都必须完成14个学分的文化素质教育课程，其中包括4个学分的艺术课程、8个学分的人文社会科学类文化素质课程、2 个学分的自选文化素质课程。
生物科学：
该专业依托南京大学生命科学学院及化学化工学院的教学师资及科研力量。主要面向食品保健行业、食品研发机构和相关生产企业、学校、宾馆等公共服务机构输送营养学基础研究与应用高级人才，满足社会需求。