九州大学继东京大学和京都大学建立后，九州大学于1911年开始设立，当时只设有九州帝国大学医科大学和九州帝国大学工科大学两个学科。1919年除了根据修改“大学令”，将原有的两分科大学改成医学部和工学部，又增设了农学部。以后6年间又增设了法文学部、理学部。第二次世界大战后日本教育体制进行了彻底的改革，九州帝国大学改为九州大学。不久法文学部一分为三，设立了法学部、文学部、经济学部，并增设了教育学部，同时将福冈高中及久留米工业专科学校并入九州大学。其后，又陆续增设了教养学部、药学部、牙科学部等。1953年九州大学研究生院成立。2000年，为了更好地进行跨专业和院系的教育和研究，创设了“学府、研究院制度”。2004年随着国立大学法人化改革，九州大学也改为国立大学法人九州大学，进一步增强了大学的独立性和自主性。2005年占地275公顷的伊都新校区开始部分投入使用。据2005年的统计，全校共设11个学部、17个学府、16个研究院、3个附属研究所和医院等，在校学生约18,200人、教师和职员分别约2,320和2,150名。截至2006年5月1日，留学九州大学的外国留学生共1141名。
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