问题：
1.法律制度不配套，政策扶持未落实
2.办学思想不明确、教育质量不高，社会对民办教育缺乏认同感
3.办学条件差，，非法办学现象严重
4.教师权益得不到保障
5.管理不规范，学校间恶性竞争收费较乱
6.资金不足，部分民办学校存在着的风险
原因:
1.政府部门与部门之间缺乏协调与沟通，争夺办学审批权、管理权的现象时有发生，教育行政部门内部机构职能条块分割严重，相互间缺乏共识和合力，政府相关部门缺乏沟通和协调，而行政管理和行政执法软弱。没有建立起强有力的教育行政执法队伍，对非法办学和恶性竞争的处置缺乏有力的措施和明显的效果。
2.民办教育在我国还没有得到足够的重视，国家扶持和鼓励民办教育发展的措施还不够有力，虽然各级政府出台了大量的扶持民办教育发展的优惠政策，但总的看来各相关部门和社会各方面的支持力度却远远不够。
3.很多民办高校对民办高等教育发展的规律认识不足，对市场研究不够，在学校发展定位和特色创建上，缺乏明确的思路。一些部门简单认为大多数民办学校以营利为目的，投资办学是一种商业行为，从而对解决民办学校的困难和问题消极怠慢，挫伤了社会力量投资办学的积极性。
4.民办高校没有办出办学特色和质量优势，创建名牌民办高校的意识薄弱。教学质量难以保证，有的发布假广告，搞虚假承诺，搞恶性竞争等等，这些现象影响了民办教育事业的健康发展。
5.缺乏教师聘任、教育教学、督导评估、固定资产和财务运作、安全管理等方面的制度，相当部分民办学校教师的合法权益得不到切实保障。教师的户口、人事档案管理、 养老保险、医疗保险、教龄确认、流动等缺乏统一明确的政策规定，教师的待遇同公办学校教师相比有较大差距。
6.一些兴办者不懂教育规律，办学思想不端正，存在短期行为，急功近利，不舍得投入改善办学条件，不注重提高办学质量，有片面追求营利的倾向，企图以最小的投入在最短的时间内获得最大的收益，执行教育的政策法规的意识淡薄。
7.我国民办教育的经费是靠民办学校自己筹措的，国家并无经费上的支持，其主要来源学费，接受的赞助或捐赠，学校经营利润等。则于社会对所谓“贵族学校”比较敏感，政府对民办学校的学费进行控制，同时，法律又规定，个人投资民办教育不能索取回报，而且在学校存续期间属于学校资产，个人不得转移，而在目前经济条件下，接受大规模无偿捐助的可能性又很小，因而民办学校普遍感到经费紧张，只能维持教师工资及教育教学日常开支，自我发展的能力差，无法顾及建校及改善办学条件。
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