第一学年，新学员入校后，在暑期中首先学习着装、敬礼，进行初步的队列训练。然后是熟悉海军和军官学校的基本情况，了解新学员和学员旅成员的责任。这个学期的军事课还有：航海术入门、海军工程课、海军学术课和领导能力课。
第二学年学员到大西洋舰队、太平洋舰队、地中海的第六舰队和西太平洋的第七舰队进行夏季海上训练。有些学员则乘学校的训练巡逻艇去大西洋沿岸的若干港口与训练基地，以熟悉海军的海上生活、舰上的组织与相互关系和舰上武器装备，了解舰上士兵的任务、责任和生活与工作的环境。学员要在正常情况和模拟的紧急情况中参加舰上的各项工作和值班。
第二学年的课程有4门军事专业课：导航课的第一部分，海军工程课，领导能力课，海军学术课。
第三学年，学员离校到各个基地熟悉航空兵、潜艇、水面部队以及陆战队。此外，在这个暑期中有4个星期在本校上专业课与学术课，内容包括乘训练巡逻艇训练水面行动与战术;用计算机上的军事演习介绍海军战术作战，评估敌方海军的能力和美国的对抗措施;学习有关武装冲突的法律;学习演讲术。
第三学年的课程有6门军事专业课：导航课的第二部分，海军武器系统课，海军工程课的第二部分，海军电力设备课，海军电子设备课，领导能力课。
第四学年，学员在最后一个暑期中随舰队进行海上训练，参加下级军官的海上值勤。学员要在导航、天体观测和判定舰只位置方面进行广泛的实习，并填写航行训练日志，摘要记录值班情况以及工程、航海术、导航、武器、操作和舰队基本战术方面的工作。某些四年级学员随位于夏威夷的第一陆战旅或位于加利福尼亚州彭德尔顿堡的第一陆战师作巡航，学习担任陆战队军官，与陆战队地面单位和航空兵单位中的各级军官共同工作。
第四学年的课程有两门军事课：武器系统课的第二部分，法律课。毕业学员均被授予海军或海军陆战队少尉军衔。身体合格者均在海军或海军陆战队内任作战军官，身体不合格者只能任行政、后勤或技术方面的军官。按法律规定，女军官可以在辅助舰艇上任职，在预计不会有战斗任务时可在任何舰艇上临时（180天以内）任职。但实际上只有少数毕业女学员担任舰上的或飞行的职务，大多数都在行政、通信、计算机、工程、水文、情报等部门任职。大部分青年军官在完成最初的一个任职期（2～4年）结束后，都可以明确地选定愿意终身从事的专业。作战军官多数选择作战职位，以求将来担任水面舰艇、潜艇、航空兵部队或陆战队作战部队的指挥官。担任海上职务的军官交替地在美国和海外、岸上和舰上、各种舰艇上或航空兵中队任职，也要担任参谋和计划方面的职务。到海军陆战队中任职的军官经过初级学校和专业训练后，将被分配到驻美国或远东的舰队陆战队的作战单位，任指挥或参谋军官，此后将交替地担任多种职务，包括不属于其专业的职务。
海军军官学校仅是军官教育的第一步。学员在毕业授衔后的整个服役期间内会不断地接受理论的与实际的专修科技方面的课程，在数学、自然科学和工程学上的要求就比主修非科技方面的课程高得多，但不要求学外语。而主修社会科学、国际问题研究和英语就必须学外语，同时也要学四个学期数学、一个学期物理、一个学期化学。
