前身是国立高级农业职业学校，创建于1945年。在65年办学历程中，学校历经7次搬迁，先后在重庆、南通、上海、如皋等地办学。历经国立高级农业职业学校、南通农业专科学校、江苏省南通农业学校等时期。2003年7月经江苏省人民政府批准升格为南通农业职业技术学院。在省、市党委、政府和有关部门的关心和支持下，60多年来，学院始终坚持“立足三农、服务社会”的办学宗旨，艰苦创业，负重奋进，拼搏进取，开拓创新，取得了卓越的办学成就。先后培养了各类人才3万名，他们中有以昆虫学家、中科院院士印象初、著名水稻专家、中国作物栽培委员会主任、原江苏省副省长凌启鸿、北京大学副校长周尔鎏、美国EXETER生命科学公司高级科学家和植物育种部主任吕忠进为代表的学术精英，更多的成为生产技术、经营管理骨干和自主创业的典型，为国家农业振兴和经济社会发展，特别是为地方经济发展作出了重要贡献。
目前，学院占地面积658亩，建筑面积20.2万m2;资产总值近2.2亿元，其中教学仪器设备总值3700多万元;实验实训室69种93个，紧密型校外实训基地200余个;建有“江苏省农村环境污染防治工程技术研究开发中心”等省级科技平台2个，建有“特色蔬菜生产加工技术服务中心”等市级科技服务平台4个;图书馆藏书55.8万册。设有生物工程系、园林园艺系、环境与资源系、机电工程系、经济贸易与管理系、人文科学系、信息工程系、基础教学部、继续教育学院等教学机构。全院招生专业数达到38个，涉及11个专业大类，16个专业类，其中3个省级特色专业，9个院级特色专业，初步构建以“农”为特色、多门类、多专业、文理兼备的专业体系，服务地方产业和辐射带动作用日益明显。在校学生近7000人，教职工400多人。专任教师中，教授8人、副教授近80人，双师素质专业教师166名，博士、硕士学历(学位)100多人，省“333工程”培养对象3人，省“六大人才高峰”资助对象2人，省“青蓝工程”学术带头人2人，省“青蓝工程”骨干教师9人，南通市“226高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人7人，南通市政府技术顾问2人，全国农业职业教育名师2人，省级优秀教学团队2个。
学院自1987年开始被连续命名为“南通市文明单位”，1997年开始连续多年被命名为“江苏省文明单位”;并先后获“江苏省文明校园”、“江苏省德育先进学校”、“江苏省教育科研先进集体”、“江苏省职业教育先进集体”、“江苏省安全文明校园”、“江苏省节水型校园”、“江苏省高校毕业生就业工作先进集体”、江苏省“挂县强农富民工程”先进单位、江苏省高等教育人才培养模式创新实验基地、南通高校校企合作示范基地等称号;2003年被农业部确定为首批“农业职业教育能力建设计划”试点院校;2007年在教育部高职高专人才培养水平评估中被评为优秀学校。
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