学校现有在职教工905人，其中专任教师598人，教授、副教授200余人，有硕士以上学位教师330多人，聘有兼职教授350余名。教师队伍中，有全国人大代表、“全国劳动模范”、“全国五一劳动奖章”、“3·15”杰出贡献奖获得者、“全国优秀教师”、“山东省百名英模人物”、中青年突出贡献专家、国务院政府特殊津贴、泰山学者海外特聘专家等50余名。
学校面向全国22个省、市招生，现有全日制本专科在校生13500余人。学校有计划招收部分美国、日本、尼泊尔、巴基斯坦等国家或地区留学生。
学校现有15个教学院部系：临床学院、基础医学与法医学院、公共卫生学院、精神卫生学院、护理学院、信息工程学院、药学院、管理学院、医学检验系、口腔医学系、医学影像学系、生物科学系、社会科学部、外语教学部、继续教育学院。开设临床医学、临床医学（精神医学与精神卫生方向）、中西医临床医学、预防医学、口腔医学、医学影像学、法医学、护理学、医学检验、康复治疗学、食品质量与安全、药学、中药学、药物制剂、生物技术、生物工程、应用心理学、计算机科学与技术、信息管理与信息系统、市场营销、公共事业管理、劳动与社会保障、英语等30个本科专业和专业方向以及临床医学、护理、医学检验技术、药学、药物制剂技术、市场营销等8个专科专业和专业方向。
经上级有关部门批准，学校与青岛东合信息有限公司合作订单式培养计算机科学与技术（软件外包方向）和计算机科学与技术（物联网方向）学生。
经上级有关部门批准，学校与美国孟菲斯大学合作举办护理专业专科教育国际合作项目。
学校的临床医学专业、预防医学专业为教育部高等学校特色专业；临床医学（精神医学与精神卫生方向）、护理学专业为省级特色专业。医学免疫学被评为国家级精品课程。生理学、诊断学、药理学、病理学、医学化学等多门课程被评为省级精品课程。病理学与病理生理学、神经病学、心血管疾病研究诊疗中心、神经内科学为山东省重点学科；学校现有行为医学、心血管疾病诊治、职业卫生与环境医学等省级重点实验室。有山东省行为医学研究所、心血管诊疗中心、神经生物学研究所等28个研究机构。
十一五以来，学校共承担各级各类课题430余项，其中国家自然科学基金、省自然科学基金及省科技攻关课题、国家科技部“十一五”支撑计划、973、863项目子课题、国际合作项目近百项，厅局级课题近300项，校级课题100余项。承担课题总数同比增加88.5%，省部级以上课题总数同比增加162.5%，课题经费总量同比增加148%。在国内外学术期刊发表学术论文3700余篇，近年在国际和全国各类学术会议交流学术论文1000余篇。
中华医学会行为医学分会和山东省行为医学专业委员会挂靠我校，学校主办的全国中文核心期刊——《中华行为医学与脑科学杂志》和《济宁医学院学报》，面向国内外公开发行。
学校十分重视对外交流与合作，长期以来我校与美国麻省医药学院、澳大利亚南岸学院、瑞典卡罗林斯卡医学院、台湾慈济大学医学院等10多所国家和地区的高等学校、医院和科研单位建立了长期合作关系。在教学、科研、医疗、师资培养等各个方面进行了卓有成效的合作和交流。学校定期选送部分本科生和研究生出国学习或联合培养。
近年来，学校本专科毕业生就业率达92%以上，本科毕业生考研率高，位居同类院校前列。学校已连续24年被山东省人民政府授予“省级文明单位”，连续27年被济宁市人民政府授予“市级文明单位”，近年来，学校先后被山东省省委高校工委授予山东省“省级文明校园”，被山东省委高校工委授予“山东省德育工作优秀高校”，被中央宣传部、中央文明办、教育部、共青团中央、全国学联联合授予“全国大中专学生三下乡社会实践活动先进单位”，被共青团山东省委、中共山东省委高校工委、山东省教育厅联合授予“第十一届全国运动会志愿服务突出贡献奖”等荣誉称号。
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