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中山医学院前身为中山大学基础医学院，更早的源头则是原中山医科大学基础学院，曾经拥有梁伯强、陈心陶、秦光煜、林树模等国家一级教授和叶鹿鸣、许天禄、罗潜、白施恩等等蜚声海内外的医学科学家和教育家。随着整个人类健康研究突破点向基础领域的不断前移，基础医学在现代医学发展中起着越来越关键的作用，它作为临床医学研究的基石，推动着临床医学研究的不断向前发展，为临床疾病诊断和防治奠定坚实基础。
中山医学院师资力量雄厚，拥有国家“****”入选人才、教育部“长江学者”特聘教授、国家杰出青年基金获得者、国家级教学名师等一批在国内外有一定影响力的教授。学院担负培养临床医学及其相关专业人才的任务，经过多年学术凝练和结构优化已形成了以热带病防治与病原生物学研究、神经科学研究、心血管疾病基础与防治研究、肿瘤基础研究、疾病基因研究、干细胞与组织工程、法医鉴定技术等为特色优势的学科格局，并在各二级学科中铸就了一批较高水平的人才培养和科学研究平台，在若干研究领域形成了与国内其他医学院校相比较为鲜明的学科特色，为今后3～5年的快速发展与进一步特色化奠定了基础。
学科建设是学院发展的生命线。中山医学院的学科建设瞄准世界一流水平，站在学科发展的最前沿，以科学技术的发展趋势和服务社会经济发展需求为导向，形成鲜明的特色和完善的学科体系。目前拥有基础医学、生物学、中西医结合和生物医学工程等4个一级学科博士授权点，“药理学”为国家重点学科，“病原生物学”为国家重点培育学科，“基础医学”为广东省重点一级学科，“中西医结合基础”为广东省重点二级学科。
“中山医学院”最早得名于1957年，其源头可以追溯到1866年成立的中国最早西医学校——博济医学堂。中山医学院的发展大致可以分为三个阶段。
第一阶段：从1866年创立博济医学堂到解放初期院校调整之前（1866～1953）
1866年，美国传教士、外交家伯驾在广州设立博济医学堂，孙中山先生曾在此学医和从事革命活动。后来，博济医学堂并入岭南大学，成立岭南大学医学院。随后又吸纳了私立夏葛医学院。随后私立夏葛医学院又并入岭南大学医学院。
中山医学院的另一个重要的源头是1909年成立的广东公医学堂。广东公医学堂后来发展成广东公医医科大学，又并入国立广东大学，随大学更名，成为中山大学医学院。
第二阶段：从解放初期院校调整到2001年两校合并之前（1953～2001）
1953年解放初，全国院校调整，岭南大学医学院和中山大学医学院合并成立华南医学院，随后广东光华医学院也并入华南医学院。此后，华南医学院相继改名为广州医学院、中山医学院、中山医科大学，并成立中山医科大学基础医学院。这个阶段，在着名的医学教育家柯麟的带领下，中山医学院建立了完善的现代医学教育体系，拥有一批在国内外医学界有较大影响力的大师和名家，教学、科研和医疗取得了较大的发展，成为中南地区最高医学学府和卫生部属的六所全国重点医学院校之一。
在1960年代，中山医学院拥有梁伯强、谢志光、陈心陶、陈耀真、秦光煜、林树模、周寿恺、钟世藩八位国家一级教授，被人称为“八大金刚”，而当时全国才有33位一级教授，可见当年中山医学院的地位。现在北校区医学图书馆二楼陈列着八位一级教授和柯麟院长的油画像。
陈心陶教授在防治血吸虫病方面做出了突出成就，两次受到毛泽东主席的接见。
第三阶段：2001年两校合并至今（2001～现在）
随着全国高等医学教育管理体制改革，恢复了综合性大学办医学教育。2001年10月，原中山大学和中山医科大学合并为新中山大学，并成立了中山大学中山医学院，我院进入一个崭新的发展阶段。
中山医学院在学科建设、科学研究、人才培养、实验室规模、实验仪器设备等方面均处于国内同类学院前列，已成为一个学科门类齐全、基础条件优越、教学科研力量雄厚，在国内外有一定影响的基础医学教学、科研和技术开发基地。
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