教授做主
耶鲁大学最重要的管理特色是“教授治校”，这一特色对美国高等教育产生了巨大影响。建校初期，经过3代校长的努力，耶鲁逐渐形成了董事会不具体参与校务管理、而由教授会治校的法规。在当时的美国流传着这样一句话：“普林斯顿董事掌权、哈佛校长当家、耶鲁教授做主”。
300年来，耶鲁人一直为能够坚持独立精神，不向外来的政治压力、物质利诱妥协而自豪——18世纪中叶，托马斯·克莱普任院长期间，坚持耶鲁是私立学校，并十分强调大学的独立。为此，他采取一切可能的方式对地方政府的干涉进行抵制，直至诉诸法律。至20世纪60年代越战期间，美国政 府下令：凡是自称以道德或宗教理由反战的学生一律不准得到奖学金的资助。当时美国诸多名校全都遵照政府的指示行事。唯独耶鲁坚守学术独立的一贯作风，仍继续以申请者的成绩为考虑奖学金的唯一原则，完全漠视政府的规定。结果，耶鲁因此失去了来自联邦政府的一大笔基金，经济上几度陷入困境，但其信念依然不变。现任校长理查德·莱文亦曾因捐款人对耶鲁所设课程及其教授聘任提出附加要求，而毫不犹豫地拒绝了2000万美元的捐赠。
即使在前任总统布什被邀请回母校接受一个荣誉法律博士学位时，耶鲁的教授与学生也公开表示了自己的反对意见：那是2001年5月21日，传统的毕业日当天，当校长宣布授予布什荣誉法律博士学位时，学生们报以笑声、嘘声和哨声，一些应届毕业生还打出一条大横幅写道：“我们赢得了自己的学位，不要使我们的学位跌价”，他们还手持标语牌谴责布什政府在环境、死刑以及堕胎等问题上的政策。更有大约200名教授集体签字拒绝出席毕业典礼，认为无论是布什还是校方这样做纯粹是为了沽名钓誉，因为按照布什当年在学校时候的表现和成绩，他根本没有资格接受那样一个荣誉称号。
加州大学前校长田长霖教授曾经说：“在美国，大家有一种认识，哪一个学校的教授力量大，哪一个学校将来就会成为最著名的学校。”教授治校不仅被伯克利奉为圭臬，也同样是耶鲁300年来所尊奉的。
人文主义高地
耶鲁人文教育的目标之一是培养学生的人文精神—— 一种追求人生真谛的理性态度，即关怀人生价值的实现、人的自由与平等以及人与社会、自然之间的和谐等。因而在耶鲁的校徽上，书写着“光明与真知”几个字，那就是继承欧洲人文科学传统，为教会，更具体地说是为公理、为民众培养的神职人员——在耶鲁1701年的宪章上写道：教育的目的是使年轻人“能为教会和公共事业服务”。现任校长理查德·莱文也说：“让青年学生们用自己在学术、艺术等专业上的成就为社会做出贡献，为人类生存条件的改善而工作。”
19世纪初，美国举国上下提出大学课程设置应着重实用学科，美国东部许多高校纷纷设立实用学科。课程改革的浪潮冲击着美国的大学，也冲击着以保守著称的耶鲁，它迅速地对这一浪潮做出反应，其结果是，1828年，在杰里迈亚·戴校长的领导下，耶鲁发表了著名的《耶鲁报告》。
《耶鲁报告》极力肯定以古典学科为主的人文教育的重要价值而排斥科学的实用教育，声称“没有什么东西比好的理论更为实际，没有什么东西比人文教育更为有用，大学里为本科生所开设的教学课程不包括职业学，专门化必须晚一点开始……心智的训练使学生具有对社会的责任感”。该报告敌视实用的职业技术课程，坚持认为共同学科的深入广泛研习对学生形成良好的教养大有裨益。
《耶鲁报告》的发表对美国高等教育产生了很大影响。19世纪初期，德国的学习自由对美国的影响相当深刻，美国大学不仅接受了学习自由的理念，而且第一次通过创立选修制和学分制使学习自由制度化。但选修制在美国的确立经历了一个曲折的过程。早在托马斯·杰弗逊时代，威廉玛丽学院和弗吉尼亚大学都先后采用过选修课，但这些早期的改革很快因为1828年《耶鲁报告》的发表而暂时止步。
为了坚持大学的追求真理，增加知识的学术使命，1986年任校长的施密特德教授强调耶鲁必须坚持思想的绝对自由及对智力亦即学术追求的不可动摇的信奉，他并且在开学典礼上要求耶鲁的新学子们像一代代比他们年长的校友一样接受这一大学观念。耶鲁把培养学生成为具有爱国精神，能对国家尽到责任和义务的“责任公民”作为大学道德教育的目标，强调学生必须具备美国“国民精神”，要时时处处为美利坚的强大而自豪和尽责，并把不断涌入的移民“美国化”。
