庆应义塾大学拥有六所主要校区，约有三万名本科生和研究生在各所校区内学习。
1、三田校区(东京都港区) 文学部的二至四年级学生、经济学部、法学部、商学部的三，四年级学生、文学研究科、经济学研究科、法学研究科、社会学研究科、商学研究科、法务研究科(法科大学院)的研究生们在此学习。这里是最富有历史和传统气息的主校区。
2、日吉校区(神奈川县横滨市) 文学部，医学部、药学部的一年级学生、经济学部、法学部、商学部和理工学部的一，二年级学生、经营管理研究科，系统设计管理研究科和媒体设计研究科的研究生们在此学习。校区和市区融为一体，充满着开放感和青春活力。
3、矢上校区(神奈川县横滨市) 矢上校区与日吉校区相邻，是理工学部的三，四年级学生以及理工学研究科的研究生们的学习场所。校区内绿树成荫，景色优美，拥有供理工学教育和研究使用的最新设施。
4、信浓町校区(东京都新宿区) 医学部的二至六年级学生、护理医疗学部的三年级学生和医学研究科的研究生们在此学习。信浓町校区和大学医院合为一体，以医院为中心布置的校舍体现了重视临床医学的方针。
5、湘南藤泽校区(神奈川县藤泽市) 综合政策学部、环境信息学部、护理医疗学部的一，二，四年级学生、政策传媒研究科、健康管理研究科的学生们在此学习。该校区作为基于顺应时代变化的全新概念而建设的教育研究基地，开办于1990年，占地面积达33万平方米，是一所将高新科技和大自然和谐地融为一体的未来型校区。
6、芝共立校区(东京都港区) 药学部药学科二至六年级、药科学科二至四年级以及药学研究科的学生们在此学习。该校区虽然位于市中心，但与芝公园接壤，是一所环抱于绿色葱翠之中的宁静的校园。