从元到清，孔庙神灵的设置，都基本沿袭宋朝确定的格局。
明初，朱元璋尊孔循礼，规定每年仲春和仲秋的第一个丁日，皇帝降香，遣官祀于国学。以丞相初献，翰林学士亚献，国子祭酒终献。
清代，盛京即建有孔庙，顺治十四年(1657年)，就曾在弘德殿祭先师孔子。顺治定都北京后，在京师国子监立文庙，庙内有大成殿，专门用来每年举行祀孔大典。文庙中还有启圣祠，燎炉、瘗坎、神库、神厨、宰牲亭、井亭等设施。尊孔子为“大成至圣文宣先师”，祀礼规格又上升为上祀，奠帛、读祝文、三献、行三跪九拜大礼，俨然与天、地、社稷和太庙的规格平起平坐。
民国初年，袁世凯复辟曾妄图借祭孔表明称帝合法化。其后的祭孔活动，已经失去了帝王特权的象征意义。民国期间最后一次祭孔是在1948年。
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