日本筑波大学大学院6个研究科的专业设置有：
1、教育研究科：
学校领导能力开发、教科教育、特别支援教育
2、人文社会科学研究科：
哲学、思想、历史、人类学、文艺、语言、现代语、现代文化、国际公共政策、经济学、法学、国际地域研究
3、数理物质科学研究科：
数学、物理学、化学、物质创成高端科学、电子、物理工学、物性、分子工学
4、系统信息工学研究科：
社会系统工学、经营政策科学、RISC工学、计算机科学、智能机能系统
5、生命环境科学研究科：
生命共存科学(博士课程)、地球科学、生物科学、生物资源科学、环境科学
6、人类综合科学研究科：
教育学、心理、感性认知脑科学、体育学、艺术、世界遗产学、障害科学、感性认知脑科学、艺术、教育基础学、学校教育学、心理学、体育科学