1、东京大学
众所周知，东京大学是日本最好的名校，也位列全球名校前三十。而东京大学的前身是由东京开成学校和东京医学校合并而成，而物理学科在当时就已经是东京开成大学的招牌学科之一。东京大学物理学科在培养人才的同时，也注重自身教育的提高。平成14年，名誉教授小柴昌俊获得诺贝尔物理学奖;昭和48年和平成20年，毕业生江崎玲於奈以及南部阳一郎分别获得诺贝尔物理学奖。可以说在日本物理专业中，东京大学的地位是首屈一指，不可撼动的。学校现有的专业包括：原子核理论及试验，素粒子理论及试验，物性理论及试验，宇宙理论及实验，量子情报，光线科学，不平衡理论和生物理等。
2、东北大学
东北大学的物理学可以追溯到东北帝国大学时代。当时是由从海外留学归国回来的本多光太郎倾注了一生的经历，并且将研究第一的教育理念发扬发展下去。而东北大学物理学教育研究水平可以说那是相当的高，其研究论文对国际影响力排名世界第九，日本第二，仅仅次于东京大学。东北大学物理专业一方面积极教学研究，同时另一方面也开设针对外国留学生的先进物理国际学课程，达到物理学方面世界研究共同共通。毕业生分布在机关企业，研究所，教育界等各个方面。
3、大阪大学
大阪大学物理专业的教学特色为开设基础课程的同时开设相关科目，并且鼓励学生去学习相邻学科，扩大知识面，成为知识广博的研究人员。而大阪大学最著名的物理专业就是量子论。因为在大阪大学创建物理学科的时候正是量子论研究盛行之时，当时的校长吸引了一大批优秀的人才，所以现在大阪大学的物理学科能够稳坐日本物理学专业第三位也是理所当然的事情了。而在平成7年的改革中，大阪大学物理学科在保证了五大基础课程的同时，开设了新的五大相互合作课程，包括：素粒子核反应学，加速计量学，极限科学，高强度光子科学，学际计算物理学。并且很好的利用互联网络，强化教育研究合作性，真正把物理学科打造成教学研究相互合作一条龙的模式。并且大阪大学物理学部有跳级制度，这可是日本所有大学中第一个试点学校，并且学校有信心继续将这个制度推广下去。
4、京都大学
京都大学这座古色古香的日本帝国大学之一，不光是有着强势的文科，它的物理学科在日本物理界也有着很大的影响力。一直本着开拓创新，领域融合为理念的京都大学物理学研究科也对诺贝尔物理学奖做出了巨大的贡献。2008年益川敏英和小林诚获得了诺贝尔物理学奖，为京都大学物理学研究科的影响力做出了强有力的证明。这也是京都大学物理学部优秀研究者汤川秀树毕生的心愿。如今的京都大学物理学部更加细化专业，分为物理学第一，第二和宇宙物理学三个方向，更加准确的定位了研究者的研究方向。
5、东京工业大学
东京工业大学是日本几个工科类国立大学当中的佼佼者之一。他主要以研究工科类学科而著名于世界。而物理学部则是东京工业大学著名专业之一。它主张因材施教，并且提倡学习物理学的完整体系。随着这几年物理学研究的发展，东京工业大学始终与时俱进，保证了它研究能力的同时，也奠定了它在日本乃至世界物理学研究的低温。随着它加入了世界最先进的COE计划(CenterOfExcellence，把大学作为世界性研究教育基地)后，吸取了世界先进的研究理念和命题的同时，也得到了广泛的国际交流和认可。随后东京工业大学还提出了培养具有国际领导才能的物理性人才的口号，即使是外国留学生也不拒绝，真正做到了国际化和专业化。
