十八大报告对国务院机构改革的要求是“稳步推进大部门制改革，健全部门职责体系”。大部门制是对以往改革的延续，也将成为这次改革的关键词。但大部门制并不是简单对职能相近部门“合并同类项”，更不是部门的新一轮扩权。大部门制实际上是做减法，职能部门数精简，部门权力减少和下放。只有这样，“大部制”和“小政府”才不矛盾。
大部门制改革主要解决两个问题，一是部门过多且职能交叉、效率低下，比如鲜花管理，按照部委分工，草本花卉归农业部管，木本花卉归国家林业局管，一个花农就要面对两个部门;二是政企不分，典型的如铁道部，既具有管理和规划职能，又有建设和经营行为，既当裁判员又当运动员，因而饱受诟病。
从深层次来说，机构改革是政治体制改革的重要组成部分，并与经济改革和社会改革紧密相关。实际上，机构改革涉及政府、市场和社会三个领域的权力划分。市场能够调节的尽量交给市场，社会可以承担的尽可放手让社会去做。政府的精力应更多放在公共服务和市场监管上，去做市场做不好、社会无法独立承担的事情。比如，政府要清理不必要的审批项目，减少各种经营性部门，但在有些领域，比如环保、规划、食品安全等，行政监管力量不仅不应削弱，还要进一步加强。这也是大部门制改革进程中，有的部门被撤并、有的部门却在扩权的依据所在。
当然，在我国，“小政府、大社会”的格局还远没有形成，政府部门承担的职能很多，部门基数很大，尤其是社会力量的培育还需要一个过程，政府部门精减掉的职能，还需要有部门和组织来接盘。这些都决定了政府机构改革不可能一蹴而就，只能按照中央提出的“积极稳妥、循序渐进、成熟先行”原则渐进式推行。因此，对于此次机构改革，不仅要看撤掉了多少部门、减少了多少财政供养人员，更应把评价重点放在转变政府职能和限制行政权力上。
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