学校共有学院(部)26个，国家一级重点学科1个，国家重点学科培育点3个，省一级重点学科1个，省二级重点学科8个，博士后科研流动站5个，一级学科博士学位授予点2个，二级学科博士学位授予点21个，硕士学位授予点55个，硕士专业学位授权点3个，工程硕士授予领域19个，本科专业70个，跨工、理、管、经、文、法、哲、医8个学科门类。具有留学生招生资格和教授审定权。目前,各类学生近3万人。教职工2800余人，其中中国工程院院士3人，国务院学位委员会学科评议组成员1人，国家“973”计划项目首席科学家4人，国家“863”计划领域专家委员会专家1人，国家杰出青年基金获得者4人，全国杰出专业技术人才2人，拥有高级职称人员近900人。
学校坚持教学工作中心地位不动摇，以质量求生存，以特色求发展，着力构筑并不断优化人才培养体系。现有国家级教学团队2个，国家级实验教学示范中心1个,国家级特色专业建设点12个，国家级精品课程3门，国家级双语教学示范课程2门，江苏省品牌专业6个，江苏省特色专业5个，江苏省品牌、特色专业建设点7个，省实验教学示范中心5个，省实验教学示范中心建设点4个。2006年，学校顺利通过了教育部组织的本科教学工作水平评估，获得优秀等级。
学校具有雄厚的科研实力，设有国家生化工程技术研究中心、材料化学工程国家重点实验室和国家热管技术研究推广中心
等国家级科研机构3个，江苏省膜工程研究中心等省部级研究中心14个，省重点实验室8个。“十五”以来，学校科研成果获省部级以上奖励90余项，其中国家科技进步一等奖1项、国家技术发明二等奖3项，国家科技进步二等奖6项。
学校重视科学研究和成果转化，坚持产学研互动发展。南京工业大学科技园为国家级大学科技园。“十五”以来，承担了包括国家“973”计划项目、“863”计划项目、国家攻关项目、国家自然科学基金项目在内的各级各类课题4000余项，科研到款达16亿元，取得了一批高水平研究成果，为相关行业、江苏地方经济建设和社会发展作出了积极贡献。