京都大学1869年建立，1897年开设大学教育的日本国立大学。大学的简称为“京大”。初建时整个大学只有一个理工科分科大学，共有6个专业21个讲座，学生不到500人，木下广次为首任校长。数年之后，又增设了法科、医科、文科等3所分科大学，这时全校已有5个分科大学。4年后新的大学令颁布，分科大学改名为学部。法学部原有的法律学和经济学分家，同时上升为学部。
经过数年的努力，农学部和一些研究机构相继成立，学校规模有了很大的发展，学生人数成倍增加，京都第三高中并入后，以此为基础成立了人文学部，后发展成为今天的教养学部。战后，按照新的教育法，全部实行新制，削去帝国大学中的“帝国”二字，清除军国主义对京都大学的破坏和影响，包括实行男女共学，清理教师队伍，废除一些不合时宜的讲座，增设教育学部、药学部和一些研究所，研究生的教育得到了长足发展，对外开放门户。这样，就成了在日本仅次于东京大学的学科齐全、规模宏大的国立综合大学。
京都大学与东京大学虽为日本东西两方同等齐名的国立大学，但它们的传统与办学目标迥然不同。东大以培养治国人才为主;京大则以培养科学家见长。所以，尽管到目前为止京都大学只出过近卫文麿和池田勇人两名首相，也少有著名的科学家活跃于日本政坛，但在科学研究方面，人才和成果都不少，因而被人们称为“科学家的摇篮”。特别引以自豪的是，在1949-1987年的39年中，日本获诺贝尔奖的7名得主中京大就占4名(又有人说是四个半，其中一位原在京都大学就读后转入东京大学)：汤川秀树、朝永振一郎、福井谦一、利根川进，多于东大。获日本文化勋章和日本科学院奖以及其他方面奖励的更是数不胜数，这些成就的取得同它的优秀传统是分不开的。
京大从创校以来就有理重于文的传统，在全校的学部、研究所、教学与科研中心中理科明显占优势。一向注重于学术上的高标准，尤以理科著称，因而形成了自在特色的“京都学派”。人们曾这样形容“京都学派”：京都大学的学者教授们“十分执着于理论研究，即使在常人看来芝麻一样的小事，京大教授了会饶有兴趣，只要合乎学术道理的，就会义无反顾地去做”。这个学派最早是京大文学部著名的哲学家西田几多郎以及他的弟子田边元、三木清等人倡导发起的，原意是指他们对日本哲学的研究有独到的见解，后来日本学术界引伸为京都大学毕业出来的“不问实际，只管求知”的一群人。正是他们这种“兴趣”和“执着”才使京大成了科学家的摇篮。
从机构的设置和科学研究的组织上也可以充分看出京都大学的特色。有不少研究所和中心是全国独一无二的，先进的仪器设备和优良的研究环境为科学研究准备了得天独厚的条件，研究人员如鱼得水，因而无论在研究课题和研究成果上在日本均很有影响。这不仅可以从前述一些具有独家性和独特性的研究所建制中反映出来，而且一些研究设施也很引人注目。
