九十年代以来，“三农”问题的凸现和村民自治在乡村社会的全面铺开已经成为中国农村研究的两个重要议题。然而，这两个范畴所涉及问题的相关性却较少有深入的讨论。目前学界的研究大多则重与其中一个方面的问题而忽视另一个方面。从政治学和政策学的角度来看，乡村自治与“三农”问题两者之间存在着某种必然的联系。因此，从农村治理模式和农村政策选择之间的互动关系来研究“三农”问题具有理论和实践的双重意义。
当前乡村治理模式对村民自治的结构性限制
自80年代人民公社解体以来，中国乡村治理基本上实行了乡级基层政府加村级自治和民主选举的治理模式。乡村民主自治是自上而下推动的一种制度变革，其目的是在农村的最基层建立“自我管理、自我教育、自我服务”的群众性自治组织，并通过村民选举为这种自治赋予“民主选举、民主决策、民主管理、民主监督”内涵，以保障乡村的政治稳定。农村开始实行村民自治和基层选举以来，国家行政权威似乎是从乡村基层向上收缩到乡镇一级，村一级权威的来源也似乎是从国家行政权威转向了全体村民的认可程度。权威授予来源的改变无疑会使村一级决策向地方利益共同体的要求方面发展。这些变化在一定程度上改变了乡村治理的方式方法。
然而，在乡村自治和民主选举的发展中也存在着许多结构性的限制。如这种制度安排在实践过程中具有很强的行政主导性，自治权威仍然带有相当程度的官僚化特性，表现为村一级权威来源的转移并不彻底，村党支部仍然是村级权力组织的核心；而村委会的权威仍然依赖于上级党政机关的支持。更重要的是，县乡级党政机关对村级选举拥有具体的指导权，对引起争议的决定拥有实际的裁决权。另外，这种村民自治是一种乡村社会中最原始（基本上以自然村落为主的）也是最小单位中的自治，民主自治的功能只限于自治组织内部的利益调整。山西华图供稿
总之，由于权威的依附性和自治规模的限制，这一改革更多是表象性的而不是实质性的。由于相互隔离的、分散的单个行政村落的自治和民主选举自组织不可能直接影响国家层面的政策选择，难以约束基层政府的行为，故而无法改变农民在社会利益分配格局中的弱势地位。政府对农业、农村和农民的“区别对待”政策没有因为村民自治和基层选举而得到改变，国家通过政府基层行政机构对农村社会的强控制治理模式也没有发生本质上的变化。所以在目前的情势下，中国乡村治理从人民公社体制向村民自治和村民民主选举体制的转型不能够彻底解决农业、农村和农民在现代化和市场化进程中所面临的发展困境。
政策结构和管理体制是“三农”问题的主要原因
三农问题产生的原因是复杂的和多方面的，但主要原因有三个方面。首先，从经济的角度来看，农业生产主要依赖的要素仍然是土地和劳动力，地少人多的现状在相当大的程度上制约着农村人口的收入增长。尤其是近几年来，农用耕地总面积的递减在不断加快。此外，农村中的技术市场、人才市场、资金市场、信息市场以及产品的加工流通市场普遍发育不足，不能有效地转移农村剩余劳动人口，也制约了农业的经济增长和农村发展。
其次，从国家政策结构的层面看，因“赶超”发展战略长期积淀形成的城乡“二元”社会结构和对农村仍然区别对待的政策，造成农村的相对贫穷落后。在税负方面，“城乡差别”的税收体制使得了农民比城市人口承担了更多的税负。并且90年代以来，随着市场体制的不断发展和外资企业的流入，乡镇企业普遍不景气，生产效率下降，发展速度回落，吸纳劳动力的能力减弱，从而也影响到乡镇企业对农村的反哺能力。在中西部地区有活力的乡镇企业更少，且生产效益差，对农村的反哺能力更为有限。但在这种背景下，在全国工农业生产的格局中，中央的政策仍然主要偏向于工业和城市的经济发展。在全国范围内依然是“以农补工”的政策格局。山西华图供稿
其三，从行政管理体制的层面看，由于财政权下放、行政承包、和压力型体制的强化，县、乡农村管理体制已经形成高成本运行的格局。县、乡级政府机构和行政人员普遍过于庞大并不断的自我膨胀，造成农民负担过重。乡镇体制建立之后，在缺乏有效管理和约束的情况下，乡镇机构和人员的急剧增加，维持机构运转和人员工资的费用也急剧增加。为了生存，乡政府必然需要增加“非规范性收入”以补贴财政支出，其办法是将这些财政缺口通过软约束的“统筹提留”、行政性收费以及各种名目的集资等方式强加在农民的头上。乡镇党政机构和人员的不断增长以及农民负担的不断加重，使得“三农”问题日渐凸显，农民与地方基层政府之间的对立和冲突不断升级和恶化，这种情况在中西部较为贫穷的地区尤为严重。
以上三个方面是造成城乡贫富之间的差距不断扩大的主要原因，而城乡差别对待的政策结构和高成本运行的县、乡镇管理体制则更具有本质性。在现有的差别对待政策体制下，农业作为弱势产业不能得到应有的政策保护，而且继续在为其他产业和城市的发展支付成本。现行的县-乡管理体制也将其高成本以各种正式的和非正式的方式转嫁给农民。“三农”问题的长期延续和加重不但阻碍乡村社会的发展，而且还影响到乡村政治的稳定。
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